В результате технической неполадки самолета он был вынужден катапультироваться в районе Сайды и был захвачен в плен боевиками шиитской организации "Амаль". О том, что происходило с ним впоследствии, достоверно известно немногое.

В течение первого года плена представители "Амаля" передали Израилю три письма Рона Арада и одну его фотографию. Последнее послание пленного штурмана датируется сентябрем 1987 года. С тех пор никаких известий от него не поступало. В 1988 году один из лидеров "Амаль" Мустафа Дирани, лично удерживавший израильского пленника, передал его представителям Ирана. В августе 1988 года "Хизбалла" заявила, что Арад находится в ее руках. Но где именно находился пленный - в Ливане, в Сирии или в Иране, оставалось неизвестным.

28 июля 1989 года Израилю удалось захватить одного из лидеров "Хизбаллы" - шейха Абдель-Карима Убейда. Он руководил операциями в Южном Ливане и нес прямую ответственность за похищение западных граждан шиитскими боевиками. В Израиле рассчитывали, что желание вернуть Убейда сделает "Хизбаллу" сговорчивее. К сожалению, этот расчет не оправдался. Никакого сдвига в контактах с представителями шиитских боевиков не произошло.

В феврале 1992 года Израиль ликвидировал лидера "Хизбаллы" Аббаса Мусауи. В ответ боевики заявили о казни Рона Арада. Однако источники израильской разведки сообщили, что заявление "Хизбаллы" является блефом, и на самом деле Рон Арад жив и удерживается в Иране. Это утверждение позже подтвердил иранский эмигрант Манушер Мукабер. В интервью одной из радиостанций Лос-Анджелеса он заявил, что Арад содержится в секретной тюрьме в Исфахане. Кроме того, двое граждан Германии, отбывавших заключение в Иране, сообщили, что слышали о пленном израильском летчике, который содержится в одиночной камере одной из иранских тюрем.

21 мая 1994 года израильские спецназовцы провели дерзкую операцию в тылу противника и захватили самого Мустафу Дирани. Однако никакой информации, способной пролить свет на судьбу пленного штурмана, Дирани не сообщил. Все попытки узнать что-то об Араде и сдвинуть с мертвой точки переговоры о его освобождении вновь зашли в тупик.

Все это время в Израиле не прекращалась широкая общественная борьба за освобождение Рона Арада. Каждый год 16 октября проводились митинги под лозунгом "Рожденный свободным". Жена Рона Тами и его мать Батья часто появлялись на телеэкранах. Можно сказать, что вместе с ними вся страна ждала освобождения пленника. В 2004 году общественная организация "Рожденный свободным" предложила 10 миллионов долларов в обмен на информацию о Роне Араде. Вознаграждение так и осталось невостребованным.

В 2005 году разведуправление Генштаба представило секретный отчет, из которого следовало, что Рон Арад скончался между 1995 и 1997 годами в Ливане. После этого главный раввин ЦАХАЛАа согласился признать пропавшего без вести штурмана погибшим, чье место захоронения неизвестно. Надежды на то, что Рон Арад жив, к тому моменту ни у кого не оставалось.